崇左市人民检察院设下列内设机构：
（一）办公室。负责机关文电、会务、机要、档案、保密、值班等工作。协助院领导处理检察政务，组织协调院重要工作部署、重大决策的贯彻实施。起草审核文件文稿，处理检察信息，编发内部刊物。指导、协调和管理全市检察机关的新闻宣传和舆论引导工作。负责人大代表联络工作。负责重要工作部署、事项的督查。
（二）第一检察部。负责对法律规定由崇左市人民检察院办理的除第二、三检察部承办案件以外的刑事案件以及未成年人犯罪、侵害未成年人犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。开展未成年人司法保护和预防未成年人犯罪工作。办理崇左市人民检察院管辖的相关刑事申诉案件。
（三）第二检察部。负责对法律规定由崇左市人民检察院办理的危害国家安全、公共安全犯罪，故意杀人、抢劫、毒品等犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。办理崇左市人民检察院管辖的相关刑事申诉案件。
（四）第三检察部。负责对法律规定由崇左市人民检察院办理的崇左市监察委员会移送职务犯罪案件，以及破坏社会主义市场经济秩序犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。办理崇左市人民检察院管辖的相关刑事申诉案件。
（五）第四检察部。负责对看守所和社区矫正机构等执法活动的监督，对刑事判决、裁定执行、强制医疗执行、羁押和办案期限的监督，羁押必要性审查。办理罪犯又犯罪案件。负责对法律规定由崇左市人民检察院办理的司法工作人员利用职权实施 的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正犯罪，以及按照刑事诉讼法规定需要由人民检察院直接受理的其他重大犯罪案件的侦查。
（六）第五检察部。负责办理向崇左市人民检察院申请监督和提请抗诉的民事、行政案件的审查、提请抗诉和抗诉。承办对崇左市中级人民法院民事、行政诉讼活动的法律监督，对审判监督程序以外的其他民事、行政审判程序中审判人员的违法行为提出检察建议，对民事、行政执行活动实行法律监督。对虚假诉讼、虚假调解进行监督。开展民事支持起诉工作。对行政机关在行政诉讼中的违法行为进行监督。办理崇左市人民检察院管辖的民事、行政申诉案件。
（七）第六检察部。负责办理法律规定由崇左市人民检察院办理的破坏生态环境和资源保护、食品药品安全领域侵害众多消费者合法权益等损害社会公共利益的民事公益诉讼案件，生态环境和资源保护、食品药品安全、国有财产保护、国有土地使用权出让等领域的行政公益诉讼案件，侵害英雄烈士姓名、肖像、名誉、荣誉的公益诉讼案件。负责对崇左市中级人民法院开庭审理的公益诉讼案件，派员出席法庭，依照有关规定提出检察建议。对公益诉讼执法活动进行监督。办理崇左市人民检察院管辖的公益诉讼申诉案件。
（八）第七检察部。负责受理向崇左市人民检察院的控告和申诉。承办崇左市人民检察院管辖的国家赔偿案件和国家司法救助案件。
（九）法律政策研究室。调查研究国家公布的与检察工作有关的法律、法规、政策的执行情况，提出意见和建议。对征求崇左市人民检察院意见的法律、法规草案研究提出意见，对检察工作适用法律问题提出意见和建议。指导并组织开展全市检察理论研究工作。负责司法体制改革综合协调相关工作，承担崇左市人民检察院检察委员会日常工作。
（十）案件管理室。负责案件的统一受理流转、办案流程监控、涉案财物监管、法律文书监管、案件信息公开。统一组织办案质量评查、业务考评和业务统计分析研判。组织指导人民监督员工作。指导全市检察机关统一业务应用系统的应用。
（十一）检务督察部（巡察工作领导小组办公室）。承担对全市两级人民检察院执行法律、法规和最高人民检察院、自治区人民检察院、崇左市人民检察院的规定、决定的情况进行督察。负责检察官惩戒相关工作。承担内部审计工作。承担崇左市人民检察院党组巡察工作领导小组日常工作。
（十二）检务保障科。负责组织实施自治区人民检察院制定的全区检察机关财务和装备规划，以及技术和信息化工作发展规划。编制崇左市人民检察院支出规划和部门预决算。负责崇左市人民检察院本级财务管理、国有资产管理、政府采购等工作。负责崇左市人民检察院检察技术、信息化建设管理和信息安全工作。负责崇左市人民检察院的网络、通讯、视频会议等技术保障和技术服务。
（十三）政治部。负责本部门本系统思想政治工作和组织人事工作。指导和管理全市检察机关司法警察工作。政治部内设干部科、干部教育培训科、司法警察支队。
（十四）机关党委。负责机关党群工作。
